tak0kadaの医学メモ

発声練習、生存確認用。

数理統計関連は 何でもノート

カエルの解剖(小腸、大腸)

ヒトの腹部には肝臓、胃、小腸、大腸を始めとして色々な臓器がある。大雑把な理解では腹腔と言われるスペースに全ての臓器が収まっていると考えておけば良いが、正確には後腹膜臓器という後腹壁の壁側腹膜より後方に位置する臓器がある。例としてはwikipediaによると十二指腸、膵臓、腎臓、副腎、尿管、腹大動脈、下大静脈、交感神経幹、上行結腸、下行結腸、膀胱が挙げられている。この位置にある臓器は後腹膜を剥がさないと手術が出来ないほかに、炎症が起こったときは腹膜刺激症状ではなく腰背部痛を起こしやすいという特徴がある。(参考: 幸せになりたい研修医: 後腹膜臓器と腹腔内臓器)

少し気になったのが、この臓器の位置はヒトに固有のものかそうでないのかということで、なんとなく実験動物としてよく使われる両生類であるカエルについて調べてみたところ、見た感じそもそも上行結腸などと細かく分けるべきかどうかも怪しく、腹腔臓器ではないかという気がした。以下は画像などのメモ。

(以下解剖なので少々生々しい画像を含むので注意)

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リファレンスへのアラインメント(RNA-seq)

シーケンサーで得られたリードを既知のゲノム配列をリファレンスとしてマッピングすることを考える。この過程での問題点は得られるリードが短いこと、多数あること、ゲノムが類似の配列(リピートや偽遺伝子)を含むこと、ゲノムの多様性やシーケンスの際の失敗によるミスマッチの存在、挿入欠失があり、RNAの場合さらにイントロンのため連続してマップされない可能性があることが挙げられる。(以下粗雑なメモ)

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「バイオインフォマティクス入門」を読んだ

随分前からちまちま読み進めていた慶應義塾大学出版会 | バイオインフォマティクス入門 | 日本バイオインフォマティクス学会を読み終わった。記憶にない部分ももう多いのだが。。80項目について2ページずつ解説する総論的な本で、特に詳細はまでは立ち入らず分野の全体像を理解するのに良いと思った。

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ヒト肺組織のパラフィン包埋サンプル3次元μCTによる3次元イメージング

実習で回った病院の抄読会のために全訳したので一応公開。分からない内容が多かったこと、google翻訳見ながらなのでクオリティの保証はない。

PLOS ONE: Three Dimensional Imaging of Paraffin Embedded Human Lung Tissue Samples by Micro-Computed Tomography

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