tak0kadaの医学メモ

発声練習、生存確認用。

数理統計関連は 何でもノート

バイオインフォマティクス

モチーフaがある要素(TSS-logic or DE-logic)にenrichされている確率、とは

The cis-Regulatory Atlas of the Mouse Immune System - ScienceDirectより。 ここで言うモチーフaはある転写因子Aが結合する、特定のDNA配列を指す配列のこと。補足資料から例を上げるとENSMUSG00000018678_LINE317_Sp2_Iという名前のモチーフにはSp2とい…

リファレンスへのアラインメント(RNA-seq)

シーケンサーで得られたリードを既知のゲノム配列をリファレンスとしてマッピングすることを考える。この過程での問題点は得られるリードが短いこと、多数あること、ゲノムが類似の配列(リピートや偽遺伝子)を含むこと、ゲノムの多様性やシーケンスの際の失…

「バイオインフォマティクス入門」を読んだ

随分前からちまちま読み進めていた慶應義塾大学出版会 | バイオインフォマティクス入門 | 日本バイオインフォマティクス学会を読み終わった。記憶にない部分ももう多いのだが。。80項目について2ページずつ解説する総論的な本で、特に詳細はまでは立ち入らず…