tak0kadaの医学メモ

発声練習、生存確認用。

数理統計関連は 何でもノート

リファレンスへのアラインメント(RNA-seq)

シーケンサーで得られたリードを既知のゲノム配列をリファレンスとしてマッピングすることを考える。この過程での問題点は得られるリードが短いこと、多数あること、ゲノムが類似の配列(リピートや偽遺伝子)を含むこと、ゲノムの多様性やシーケンスの際の失敗によるミスマッチの存在、挿入欠失があり、RNAの場合さらにイントロンのため連続してマップされない可能性があることが挙げられる。(以下粗雑なメモ)

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「バイオインフォマティクス入門」を読んだ

随分前からちまちま読み進めていた慶應義塾大学出版会 | バイオインフォマティクス入門 | 日本バイオインフォマティクス学会を読み終わった。記憶にない部分ももう多いのだが。。80項目について2ページずつ解説する総論的な本で、特に詳細はまでは立ち入らず分野の全体像を理解するのに良いと思った。

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ヒト肺組織のパラフィン包埋サンプル3次元μCTによる3次元イメージング

実習で回った病院の抄読会のために全訳したので一応公開。分からない内容が多かったこと、google翻訳見ながらなのでクオリティの保証はない。

PLOS ONE: Three Dimensional Imaging of Paraffin Embedded Human Lung Tissue Samples by Micro-Computed Tomography

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