集団の多様性をShannon diversityで表す
以下のような書き込みをはるか昔に見たことがあり、講義でdiversityについて扱う気配があったのでメモ。Shannon diversity (wikipedia)という量があって、標本内の多様性を表現できるらしい(詳細は全く確認していない)。個別の要素の回帰が難しくても(個人によって観測されたりされなかったりするんだろうか?)Shannon diversityを血液内の代謝産物などでLasso回帰やRidge回帰して寄与率R2や係数βの大きさを見てみるという手はあるらしい。寄与率が40数%というのはそこまで高くもないが関係なくもない、と思ってよいのかどうか…
シークエンスデータはひとまずシャノンの情報エントロピーを見ておいた方が良い https://t.co/Zh0SMuchVn
— 草 (@n0rr) 2019年9月5日
fix patch, novel patch
patchという概念があるらしい。http://genome.ucsc.edu/blog/patches/ を眺めている。
- GRC(genome reference consortium)という団体がゲノムのリファレンスの管理をしている
- GRCh38/hg38が一番新しいリファレンス
- 単なる塩基配列ではなくて意味付け(アノテーション)もされている
- 新しい版に更新すると塩基の位置がずれることがあった(そもそもリファレンスは複数人のゲノムの寄せ集めで作成されている)
- 何年経っても古い版が使い続けられた
- ソフトウェアの更新のためにパッチが配布されるのと同様にpatchという単位で更新や別のハプロタイプの追加がされている
- GRCh39/hg39のリリースを延期して、patchの更新を続けることになった(座標がずれない)
- novel patchとfix patchがある
- novel patchは多様性が高く1種類のリファレンスで代表するのが難しい領域を指す
- fix patchは間違いの訂正を指す
- 特にnovel patchは年々増加している
モチーフaがある要素(TSS-logic or DE-logic)にenrichされている確率、とは
The cis-Regulatory Atlas of the Mouse Immune System - ScienceDirectより。
ここで言うモチーフaはある転写因子Aが結合する、特定のDNA配列を指す配列のこと。補足資料から例を上げるとENSMUSG00000018678_LINE317_Sp2_Iという名前のモチーフにはSp2という転写因子が結合する。
また、この文献中では15600の遺伝子が、TSS-logic、DE-logic、unexplained-logicの3種類に分類されている。
知りたいのはモチーフaあるいは転写因子AがTSS-logicな遺伝子、DE-logicな遺伝子、あるいはunexplained-logicな遺伝子のどれに多く関連して分布しているかということ。ある遺伝子Xで多く見られる場合、Motif a is enriched in gene X.といい、逆をdepletedという。
例えば15600遺伝子をモチーフaとTSS-logic geneについて分類してみると、
続きを読むMucosal prolapse syndrome (MPS)とInflammatory cloacogenic polyp (ICP)
病理ローテ中にICPの診断を付けた標本があり、確か外科病理学を参照して診断名を書いたような気がする。とりあえず、MPS$\supset$ICPだという認識。(参考: https://www.jstage.jst.go.jp/article/jjsa/74/8/74_2245/_pdf)
炎症性疾患はWHO分類にはほとんど記載がないけれども、病名はどこを見て付けるのが良いのか。。。病理ローテ中はPathology Outlines - PathologyOutlines.comを頻繁に参照していたと記録しておく。
3月第1週メモ
Ahmet et al. Bone marrow histopathology in peripheral T-cell lymphomas
- 骨髄転移だけでPTCLの診断をする羽目になった時に便利そう
https://ja.wikipedia.org/wiki/ΓδT細胞
- αβT細胞はCDマーカーで細かく記事が分かれている
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- αβT-cell lymphomaとγδT-cell lymphomaについて
γ/δ+T cells reside in epithelial tissues, and, unlike α/β T cells, recognize antigen without the need for MHC presentationNicholas et al. A detailed genetic map of the chromosome 7 bronchial hyper-responsiveness locus (wikipediaにも同じことが書いてある)
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- 分化経路について。胸腺分化、胸腺外分化がある。
TCRα鎖, TCRβ鎖, TCRγ鎖をコードする遺伝子はおのおの, 14番染色体, 7番染色体(7q34), 7番染色体(7p14)の3つの異なる座にありTCRδ鎖はTCRα遺伝子座中(14q11.2)にふくまれている。http://www.ft-patho.net/index.php?T-cell%20receptor%28TCR%29%20gene
- Splenic T-cell lymphoma (γδT細胞性が多い)でIsochromosome 7qが検出されることが多いのとは関係あるのか???
http://www.eiken.co.jp/modern_media/backnumber/pdf/MM1202_03.pdf
- γδT細胞の働きの方が未解明、腸管免疫など?
「Canalicular adenoma」の誤訳報告
唾液腺上皮性腫瘍の「Canalicular adenoma」の訳語を調べていたところ、weblioとeijiroで「管状腺癌」という誤訳を発見した。adenomaなので腺腫だろうと思っていたが、流石に目を疑って調べ直したところ、WHO分類でBenign epithelial tumoursに分類されているし、金原出版の取扱い規約を見ても細管状腺腫となっている。とりあえずどちらも報告したので修正待ち。
2020/01/29追記: weblioの方はまだ直ってないので残念
